自第二次新吉翁战争结束了12年后的U.C.105年,因地球联邦政府的腐败和地球环境污染的加速,在强制平民前往宇宙的同时,也开始实施非人道的政策“人类狩猎”。
在这种局面下,反地球联邦政府运动组织“马夫蒂”,在组织首领:“马夫蒂·纳比尤·艾林”(其真实身份是联邦军内素有声望的一年战争的功臣联邦军上校
布莱德·诺亚之子
哈萨维·诺亚)的带领下,针对地球联邦高官展开了暗杀等一系列恐怖活动。
继承了阿姆罗·雷和夏亚·阿兹纳布尔两人的思想,成为了为了内心的意志和道路而不断奋斗前行的战士哈萨维,却与联邦军上校凯奈斯·斯雷克和谜之少女琪琪·安达露西亚相遇了,而这也是改变他们命运的相遇